Organisation

Totalt finns upp emot 300 medarbetare i Sjukhuskyrkan på cirka 70 av landets sjukhus. Arbetslagen består av präster, pastorer, diakoner, ordenssystrar, medarbetare med annan adekvat utbildning och musiker.

Sjukhuskyrkan är ekumenisk, vilket innebär att olika kyrkor samarbetar inom Sjukhuskyrkan. Det betyder i sin tur att medarbetarna i Sjukhuskyrkan i viss mån har skilda arbetsgivare. De olika kyrkorna samlas i Samarbetsrådet för andlig vård inom hälso- och sjukvården.

Den största arbetsgivaren är Svenska kyrkan. Medarbetarna i Sjukhuskyrkan från Svenska kyrkan har sin anställning i den svenskkyrkliga församling som har det aktuella sjukhuset inom sitt geografiska område.  Församlingen bär vanligtvis ansvaret för kostnaden för tjänsterna. På stiftskanslierna inom Svenska kyrkan finns ofta en stiftshandläggare med särskilt ansvar för Sjukhuskyrkan. På Kyrkokansliet i Uppsala finns en nationell samordnare för Svenska kyrkans del av arbetet i Sjukhuskyrkan.

De frikyrkliga trossamfundens olika församlingar på en lokal ort bär som regel gemensamt ansvar för sjukhuspastors- eller sjukhusdiakontjänsten på det närliggande sjukhuset. Arbetsgivaransvaret vilar oftast på ett lokalt frikyrkligt råd, men i några fall har en av de lokala frikyrkliga församlingarna åtagit sig att vara arbetsgivare. Församlingarna samlar in pengar för att bära kostnaden för tjänsterna. Ungefär en 1/3 av kostnaden täcks av statliga bidrag och på några håll ges även vissa bidrag från regionerna.  På nationell nivå har Sveriges frikyrkosamråd det samordnande ansvaret. En konsulent är anställd på 20 procent för att samordna frikyrkornas del av Sjukhuskyrkan. 

Stockholms katolska stift står som ansvarig för de katolska medarbetarna inom den andliga vården i sjukvården. Tjänsterna finns framför allt i de större städerna. På andra orter står som regel de lokala församlingsprästerna till förfogande att kallas in vid behov. Statliga bidrag ges för att täcka en del av kostnaderna för tjänsterna. En av de katolska medarbetarna i Sjukhuskyrkan har ett samordnande uppdrag.

Prästerna från de ortodoxa/österländska kyrkorna som har tjänster kopplade till Sjukhuskyrkan har sin anställning i en lokal församling. Framför allt finns tjänsterna i några av de större städerna. Lokala församlingspräster kan kallas in vid behov på de platser där ortodoxa/orientaliska kyrkorna inte har särskilda tjänster för andlig vård inom sjukvården.