En grund för arbetet med andlig vård på sjukhusen som Sjukhuskyrkan är en del av, är den helhetssyn som på olika sätt uttrycks inom hälso- och sjukvården.

Olika professioner inom vården berör de existentiella frågorna i kontakter med patienter och närstående. När fokus i det existentiella samtalet alltmer innefattar frågor av andlig och religiös natur, utgör företrädarna för andlig vård i sjukvården en resurs som kan erbjudas individen och utgöra ett komplement till de övriga insatserna. 

Sjukhuskyrkan medarbetare, liksom andra företrädare för andlig vård i sjukvården, är inte anställda av sjukhusen. Lokala församlingar är arbetsgivare för tjänsterna. I början av 1960-talet slöts en överenskommelse mellan dåvarande Svenska landstingsförbundet och Svenska kyrkans pastoratsförbund som innebar att landsting/sjukhus åtog sig att svara för lokaler och fasta inventarier för den andliga vården i sjukvården medan ansvaret för verksamheten inklusive lönekostnader för tjänsterna skulle bäras av trossamfunden. 

De lokaler som ställs till förfogande kan vara kontorsrum och samtalsrum för medarbetare inom den andliga vården i sjukvården. På de flesta sjukhus finns också ett rum för andakt, bön, stillhet eller meditation; inte sällan benämnt ”stilla rum.” Det är sjukhuset som ”äger” och utformar detta rum.

Rummet är som regel utformat för att människor av olika tro eller som inte har någon tro alls, ska kunna känna sig hemma där. Men det är inget som hindrar att det under någon del av dagen exempelvis används för en gudstjänst eller mässa. Då lyfts nattvardskärl och kors fram i rummet.

Flera regioner har idag riktlinjer eller överenskommelser som beskriver arbetet som företrädare för den andliga vården i sjukvården bedriver på sjukhusen och som tydliggör uppdrag och ansvarsfördelning.